W 1459 r. Jan Amor Tarnowski (właściciel Tarnowa, kasztelan krakowski i wojewoda sandomierski) sprowadził do miasta bernardynów. Początkowo mieszkali oni w drewnianych zabudowaniach kościelno-klasztornych znajdujących się poza murami miejskimi. W 1468 r. fundator rozpoczął budowę murowanego klasztoru i kościoła pw. Matki Bożej Śnieżnej. Świątynia została wybudowana z czerwonej cegły w stylu gotyckim. W różnych okresach czasu w klasztorze przebywało ok. 20 zakonników, a od 1608 r. konwent był miejscem studiów dla młodych zakonników, a przez krótki czas także nowicjatem prowincji małopolskiej.
Klasztor został skasowany przez władze austriackie w 1789 r. Bernardynów przesiedlono zaś do skasowanego w 1781 r. klasztoru bernardynek, w którym mieszkają do dzisiaj. Świątynia ta powstała w latach 1752-1776. Po przeprowadzeniu prac remontowych kościół został ponownie konsekrowany w 1827 r. przez biskupa tarnowskiego Grzegorza Zieglera.
W 1960 r. wprowadzono w kościele wieczystą adorację Najświętszego Sakramentu i całodzienny dyżur w konfesjonale. W każdy piątek odprawiana jest droga krzyżowa, a także odmawiana koronka do Bożego Miłosierdzia przed łaskami słynącym obrazem Chrystusa Miłosiernego i Matki Bożej Bolesnej. Przy klasztorze istnieje Franciszkański Zakon Świeckich, funkcjonują również następujące wspólnoty: Wspólnota Bożego Miłosierdzia, Liturgiczna Służba Ołtarza, Unia Misyjna, Rodzina Maryi.
Bernardyni od 1941 r. prowadzą kuchnię dla ubogich, która wydaje kilkadziesiąt posiłków dziennie. W 2007 r. otwarto nowy budynek przeznaczony na ten cel (wybudowany z pomocą biskupa tarnowskiego Wiktora Skworca) i oddając patronatowi św. Szymona z Lipnicy, jako żywy pomnik wdzięczności za jego kanonizację.
Kalendarium
1459 – Bernardyni wpisują się na stałe w dzieje Tarnowa. Osiedlają się w klasztorze przy kościele Matki Bożej Śnieżnej, wybudowanym z drewna przez Jana Amora z Tarnowa.
1465 – Przełożonym w tarnowskim klasztorze Bernardynów jest o. Szymon z Lipnicy (zmarł 18 VII 1482; beatyfikowany 1685; kanonizowany 3 VI 2007).
1468 – Rozpoczyna się budowa murowanego z cegły kościoła i klasztoru w miejsce dotychczasowych drewnianych, poza murami miasta. Motywem budowy był pietyzm fundatora, Jana Amora z Tarnowa: „Dla czci Bożej”.
1483 – Pożar zniszczył miasto.
1499 – Klasztor i kościół oraz przyległy teren zostały nadane na własność Bernardynom – franciszkańskiemu Zakonowi Braci Mniejszych.
Pod koniec XV w. – Jan Amor z Tarnowa otacza murem posesję bernardyńską. Rozbudowę prowadzi Antoni z Jarocina, brat zakonny.
1504 – Mieszczanie tarnowscy sprawili do kościoła gotyckie stalle, które wykonał warsztat snycerski z Wrocławia.
1512 – Mieszczanin Tarnowa Michał Gołda funduje wielki ołtarz.
1516 – Zaraza morowa opanowała Tarnów. W klasztorze zmarło 14 zakonników.
1550 – Jan Amor Tarnowski, właściciel Tarnowa, buduje drewniany klasztor, do którego sprowadza siostry Bernardynki z Krakowa.
1572 – Epidemia nawiedziła Tarnów. W klasztorze zmarło 8 zakonników.
1574 – Do klasztoru w Tarnowie przeniesiono nowicjat z Krakowa (nowicjat jest to czas przygotowania na stały pobyt w zakonie, trwający jeden rok. W czasie jego trwania kandydat do zakonu zapoznaje się z zasadami życia zakonnego).
1608 – Od tego roku okresowo mieściły się w tarnowskim klasztorze studia dla młodych zakonników na różnych poziomach (studium humanistyczne, bursa dla chłopców oraz studium filozofii i teologii). Formacja – studium w klasztorze, świadczyło o wzorowym i dobrze zorganizowanym życiu zakonnym.
1614 – W Tarnowie wybuchł pożar. Na klasztorze spłonął dach.
1620 – „Lisowczycy” przejeżdżając przez Tarnów pozostawili w klasztorze dwie armaty.
1622 – Dżuma zaatakowała Tarnów. W klasztorze nikt nie umarł.
1630 – Odbudowano klasztor zniszczony przez pożar w 1614 r.
1644 – Konfraternie św. Anny i św. Franciszka zorganizowały pielgrzymkę do Kalwarii (Zebrzydowskiej) w celu „obchodzenia kaplic”.
1653 – Morowe powietrze zdziesiątkowało mieszkańców Tarnowa.
1654 – W podziemiach klasztoru od strony południowej wybudowano kaplicę „Więzienie Pana Jezusa”, w której umieszczono obraz „Pana Jezusa Cierpiącego i Matki Bożej Bolesnej”.
1655 – Wojska szwedzkie wkroczyły do Polski. W Tarnowie splądrowały klasztor i zabrały zdeponowane w nim kosztowności okolicznej szlachty. Klasztor zostaje zniszczony przez wojska szwedzkie, a siostry zakonne zmuszone są zamieszkać na mieście.
1671 – Od północnej strony nawy kościelnej dobudowano kaplicę poświęconą Niepokalanemu Poczęciu NMP – Patronki Zakonu Franciszkańskiego.
1680 – Ukończono budowę klasztoru murowanego na co wskazuje data na sosrębie (bierzmie) w refektarzu klasztornym: „AD. 1680 IN IULIO”.
1703 – Nad kaplicą „Więzienie Chrystusa” dobudowano kaplicę zwaną „Pretorium Piłata”, w której umieszczono figurę Chrystusa „Ecce Homo”.
1705 – Dżuma kolejny raz nawiedziła Tarnów. W klasztorze zmarli wszyscy zakonnicy (15 osób).
1742 – Od uderzenia pioruna zapaliła się wieża kościelna.
1743 – Wybuchł częściowy pożar miasta. Ogień rozprzestrzenił się w dzielnicy żydowskiej. Klasztor został ocalony.\
1747 – Książę Janusz Aleksander Sanguszko wydaje zgodę na wykorzystanie materiału rozbiórkowego z zamku tarnowskiego na budowę kościoła.
1752-1776 – Trwa budowa obecnego kościoła murowanego.
1772 – Aneksja południowych ziem Polski przez Austrię. Dekretem władzy cesarskiej kościół i klasztor Bernardynów w Tarnowie poddano pod zarząd komisarzowi biskupiemu rezydującemu we Lwowie. Majątek klasztorny przeszedł na skarb państwa. Utworzono tzw. Fundusz Religijny, z którego wypłacano środki na utrzymanie klasztoru i kościoła.
1781 – Dekretem z dnia 12 grudnia tegoż roku, podpisanym przez cesarza Józefa II Habsburga, skasowano kościół i klasztor Bernardynek. W dwa lata później siostry Bernardynki opuściły klasztor.
1782-1785 – W związku z tworzącą się nową diecezją w Tarnowie, w klasztorze zamieszkał biskup nominat, ks. Jan Duvall, wraz z konsystorzem.
1785 – Klasztor dołączono do nowoutworzonej prowincji zakonnej w Galicji.
1789 – Klasztor został skasowany przez cesarza Józefa II Habsburga, dekretem z dnia 20 maja tegoż roku.
1789 – 5 sierpnia, dekretem tychże samych władz Bernardyni przejmują klasztor po Bernardynkach.
1794 – Odrzucono plany adaptacyjne zabranych klasztorów na seminarium duchowne dla nowoutworzonej diecezji w Tarnowie (plany opracował Franciszek von Grottger). Klasztor zajęło wojsko austriackie, a w kościele urządzono prochownię.
1809 i 1815 – Pożary częściowo zniszczyły kościół i budynki klasztorne.
1816-1825 – Następuje adaptacja kościoła do nowych potrzeb duszpasterskich. Dotychczasowa świątynia dla zakonnic zostaje dostosowana dla wiernych.
1823-1825 – Dokonana została gruntowna przebudowa pierwotnego kościoła i klasztoru. Po zlikwidowaniu dwóch skrzydeł klasztoru (wschodniego i zachodniego) przeprowadzono ulicę (obecnie dalszy ciąg ul. Bernardyńskiej nr 19 i nr 24). Budynki przeznaczono na siedziby sądu i więzienia
1826 – Biskup Tarnowski umieścił w klasztorze ostatni kurs seminaryjny kleryków tzw. pastoralistów (15 osób)
1827 – Biskup Tomasz Grzegorz Ziegler konsekruje kościół pw. „Podwyższenia św. Krzyża”.
1882 – Po wielu latach „zastoju” gospodarczego wszczęto prace przy renowacji kościoła i klasztoru. Wstawiono nowe organy do kościoła oraz przygotowano materiał na pokrycie blachą kościoła i klasztoru.
1889-1897 – Kontynuacja prac przy wyposażeniu kościoła. Wykonano polichromię w całym kościele (Alojzy Gucwa 1895). Przerobiono i odnowiono ołtarze, ambonę, ławki w prezbiterium. Przywrócono do czci – po odnowieniu – obraz Pana Jezusa Cierpiącego. Dokonano wiele znaczących zmian w kruchcie kościoła, a także w klasztorze i zabudowaniach gospodarczych.
1909-1913 – W dwóch ołtarzach bocznych zrobiono wnęki, do których sprowadzono figury Serca Jezusowego i Matki Bożej Niepokalanej z Groeden z Tyrolu. W kruchcie umieszczono figurę Matki Bożej Loretańskiej oraz ołtarz z obrazem Pana Jezusa Cierpiącego z dawnej kaplicy „Więzienie Chrystusa”.1913 – Zaprowadzono instalację wodociągową.
1918 – Założono instalację elektryczną w kościele i klasztorze.
1930-1960 – W przebudowanym budynku kościelnym pierwotnego kościoła urządzono biura magistratu miejskiego.
1951 – Udostępniono wiernym korytarz klasztorny ciągnący się wzdłuż kościoła. Dorobiono schody prowadzące z kościoła na korytarz. We wnęce na schodach umieszczono figurę Matki Bożej Loretańskiej – przenosząc ją z kruchty. Pomieszczenie „skarbczyk” od strony północnej prezbiterium przerobiono na kaplicę, w której umieszczono ołtarz z obrazem Pana Jezusa Cierpiącego i Matki Bożej Bolesnej. W prześwicie nad ołtarzem umieszczono witraż Miłosierdzia Bożego – według wzoru „Jezu, ufam Tobie”.
1954 – Wprowadzono nabożeństwo do Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
1960 – Wprowadzono Wieczystą Adorację Najświętszego Sakramentu.
1983 – Wymieniono posadzkę w kościele i zakrystii.
1985 – W kościele wymieniono ławki. W kruchcie wymieniono posadzkę oraz wstawiono krzesła.
1995 – Dach kościoła pokryto blachą miedzianą.
1996 – Parter dawnego prezbiterium pierwotnego kościoła przekazano na własność Kościołowi Polsko-Narodowemu na użytek religijny.
1999-2005 – Kościół i klasztor poddano całościowej gruntownej renowacji. W całym kościele odnowiono polichromię. Zakonserwowano i wyzłocono ambonę i wszystkie ołtarze. W kaplicy dokonano gruntownej renowacji i konserwacji ołtarza i obrazu Pana Jezusa Cierpiącego i Matki Bożej Bolesnej, a także ołtarzyka „tryptyku” w krużganku kościelnym. Wymieniono system grzewczy oraz okna i drzwi w klasztorze.
1999-2005 – Kościół i klasztor poddano całościowej gruntownej renowacji. W całym kościele odnowiono polichromię. Zakonserwowano i wyzłocono ambonę i wszystkie ołtarze. W kaplicy dokonano gruntownej renowacji i konserwacji ołtarza i obrazu Pana Jezusa Cierpiącego i Matki Bożej Bolesnej, a także ołtarzyka „tryptyku” w krużganku kościelnym. Wymieniono system grzewczy oraz okna i drzwi w klasztorze.
2006-2007 – Wybudowano nową „kuchnię dla ubogich”, jako pomnik wdzięczności za kanonizację św. Szymona z Lipnicy.
2009 – Klasztor świętuje Jubileusz 550-lecia nieprzerwanej obecności i działalności Bernardynów w Tarnowie.
2009–2010 – Renowacja – przebudowa muru ogrodzeniowego okalającego posesję klasztorną od ul. Franciszkańskiej.
2010 – Gruntowny remont organów przez firmę Mirosława Jakubowskiego z Włocławka.
2010 – Założono monitoring w kościele.
2010-2011 – Odnowiono meble w zakrystii.